クローン病が疑われる場合、まずは問診・診察が行われます。続いて便の培養検査、血液検査、内視鏡検査、寄生虫学的検査があり、必要に応じて、X線造影検査、CT検査※1、MRI検査※2などが行われる場合もあります。

クローン病については、こちらを参照してください。

貧血の有無や程度は赤血球数、ヘモグロビン濃度で確認し、基準範囲を下回っている場合は貧血と判断されます。栄養状態は総タンパク値、アルブミン、総コレステロール値などにより、副作用・全身状態は、肝機能の検査値(AST、ALT、ALP、γ-GTPなど）や腎機能の検査値(BUN、クレアチニンなど）、アミラーゼなどの値で判断します。

内視鏡検査とは、小さなカメラを介して消化管の内側（粘膜病変）の様子を観察し、炎症の有無や状態を確認できクローン病の診断には不可欠な検査です。また、治療方法の選択や治療効果の判定にも用いられます。
内視鏡は、先端に小さなカメラがついた細くやわらかい管ですが、観察したい部位によって口から挿入するもの（上部消化管内視鏡、小腸内視鏡）、肛門から挿入するもの（大腸内視鏡、小腸内視鏡）があります。 最近では、口から飲みこむだけでよいカプセル内視鏡もありますが、全ての部位を撮影できないことや、内視鏡と違って組織の採取もできません。腸に狭窄病変がある場合は、カプセルが滞留（つまり停滞）して出てこないおそれもあるため、すべての患者さんがカプセル内視鏡を使えるわけではありません。
症状や発症年齢、肛門病変などからクローン病が疑われ、内視鏡検査で、縦走潰瘍（じゅうそうかいよう）^※5 や敷石像（しきいしぞう） ^※6と呼ばれる所見が得られれば、クローン病と診断されます。

クローン病の診断基準は＜潰瘍性大腸炎・クローン病　診断基準・治療指針（厚生労働省「難治性炎症性腸管障害に関する調査研究」鈴木班）＞に定められています。最新版は平成30年度改訂版です。
若年者に慢性的に続く腹痛や下痢、発熱、体重減少、肛門病変などがみられるとクローン病が疑われます。まず問診で薬の服用歴や海外渡航歴、既住歴などを確認し、診療や血液検査を行うとともに、さまざまな検査を行います。

クローン病の詳しいタイプについては、こちらのぺージを参照してください。